يعود تاريخ الاكتشافات الاستيطانية الأولى في منطقة العاصمة الحالية لمقاطعة كارينثيا النمساوية، كلاغنفورت أم فورترسي، إلى العصر البرونزي. وتثبت الحفريات في بعض الفيلات والمقابر الرومانية أنه لم يكن هناك سوى مستوطنات معزولة خلال الاحتلال الروماني حتى القرن السادس.

في عام 1142، أسس الكونت بيرنهارد دير فيكترينغ السيسترسي، وبذلك بدأ أول استعمار واسع النطاق للمنطقة. وقد تم توثيق اسم كلاغنفورت لأول مرة في الوثائق الرهبانية من تسعينيات القرن الحادي عشر. وفي عام 1252، مُنحت كلاغنفورت ميثاق المدينة، ومنذ منتصف خمسينيات القرن الثاني عشر تم بناء قلعة لحماية السكان. بُنيت أول كنيسة في القرن الرابع عشر وذُكرت لأول مرة في وثيقة في عام 1347.

وفي سياق الإصلاح الديني، انضمت المدينة بأكملها إلى الحركة البروتستانتية. بدأ التصنيع في كلاغنفورت مع الربط بشبكة السكك الحديدية في عام 1863 ووصل إلى ذروته مع كهربة كاملة في عام 1896.

بعد الحرب العالمية الأولى، قرر السكان في استفتاء عام بأغلبية واضحة لصالح بقاء كلاغنفورت جزءاً من النمسا.

وفي عام 1930، تم إنشاء أول توأمة مدينة في العالم بين كلاغنفورت وفيسبادن. وحتى يومنا هذا، هناك تبادلات منتظمة على المستوى الاجتماعي والسياسي والثقافي.

في 18 أكتوبر 1973، قام مجلس شيوخ المدينة التوأم النمساوية بزيارة عاصمة ولاية هيسن. وبعد ترحيب قصير، وقّع أعضاء الوفد على الكتاب الذهبي للمدينة.