Перші знахідки поселень на території сучасної столиці австрійської провінції Каринтія, міста Клагенфурт-на-Вертерзее, датуються бронзовим віком. Розкопки кількох римських вілл і могил доводять, що під час римської окупації до шостого століття тут існували лише окремі поселення.

У 1142 році граф Бернгард заснував цистерціанський монастир Віктрінг, започаткувавши таким чином першу широку колонізацію регіону. Назва Клагенфурт вперше задокументована в монастирських документах 1190-х років. У 1252 році Клагенфурт отримав міську хартію, а з середини 1250-х років був збудований замок для захисту мешканців. Перша церква була побудована в 14 столітті і вперше згадується в документі в 1347 році.

Під час Реформації все місто приєдналося до протестантського руху. Індустріалізація в Клагенфурті почалася з підключенням до залізничної мережі в 1863 році і досягла свого піку з повною електрифікацією в 1896 році.

Після Першої світової війни мешканці на референдумі переважною більшістю голосів висловилися за те, щоб Клагенфурт залишився частиною Австрії.

У 1930 році між Клагенфуртом і Вісбаденом було встановлено перше у світі побратимство між містами. Донині між містами відбуваються регулярні обміни на соціальному, політичному та культурному рівнях.

18 жовтня 1973 року міський сенат австрійського міста-побратима відвідав столицю землі Гессен. Після короткого привітання члени делегації підписали Золоту книгу міста.