Avusturya'nın Karintiya eyaletinin bugünkü başkenti Klagenfurt am Wörthersee bölgesindeki ilk yerleşim buluntuları Tunç Çağı'na kadar uzanmaktadır. Birkaç Roma villası ve mezarında yapılan kazılar, Roma işgali sırasında altıncı yüzyıla kadar sadece izole yerleşimlerin olduğunu kanıtlamaktadır.

Kont Bernhard 1142 yılında Viktring Sistersiyen manastırını kurarak bölgenin ilk kapsamlı kolonizasyonunu başlatmıştır. Klagenfurt ismi ilk olarak 1190'lardaki manastır belgelerinde belgelenmiştir. 1252 yılında Klagenfurt'a şehir beratı verilmiş ve 1250'lerin ortalarından itibaren sakinleri korumak için bir kale inşa edilmiştir. İlk kilise 14. yüzyılda inşa edilmiş ve ilk kez 1347'deki bir belgede bahsedilmiştir.

Reformasyon sırasında tüm kasaba Protestan hareketine katılmıştır. Klagenfurt'ta sanayileşme 1863 yılında demiryolu ağına bağlanmasıyla başlamış ve 1896 yılında elektrifikasyonun tamamlanmasıyla zirveye ulaşmıştır.

Birinci Dünya Savaşı'ndan sonra kent sakinleri referandumda Klagenfurt'un Avusturya'nın bir parçası olarak kalması yönünde açık bir çoğunlukla karar verdi.

1930 yılında Klagenfurt ve Wiesbaden arasında dünyanın ilk kardeş şehir ilişkisi kurulmuştur. O günden bu yana sosyal, siyasi ve kültürel düzeyde düzenli alışverişler devam etmektedir.

18 Ekim 1973 tarihinde Avusturya'daki kardeş şehrin senatosu Hessen eyaletinin başkentini ziyaret etti. Kısa bir karşılamanın ardından heyet üyeleri kentin Altın Kitabını imzaladı.