Les premières découvertes d'habitations dans la région de l'actuelle capitale du Land autrichien de Carinthie, Klagenfurt am Wörthersee, remontent à l'âge du bronze. Les fouilles de quelques villas et tombes romaines prouvent qu'il n'y avait que des colonies isolées pendant l'occupation romaine jusqu'au sixième siècle.

En 1142, le comte Bernhard a fondé l'abbaye cistercienne de Viktring, initiant ainsi la première colonisation à grande échelle de la région. Le nom de Klagenfurt est documenté pour la première fois dans des documents monastiques datant des années 1190. En 1252, Klagenfurt a obtenu le droit de cité et, à partir du milieu des années 1250, un château a été construit pour protéger les habitants. La première église a été construite au 14e siècle et mentionnée pour la première fois dans un document de 1347.

Dans le cadre de la Réforme, toute la ville a rejoint le mouvement protestant. L'industrialisation a débuté à Klagenfurt avec le raccordement au réseau ferroviaire en 1863 et a atteint son apogée avec l'électrification complète en 1896.

Après la Première Guerre mondiale, les habitants ont décidé à une nette majorité, lors d'un référendum, de maintenir Klagenfurt dans l'Autriche.

En 1930, le premier jumelage au monde a été établi entre Klagenfurt et Wiesbaden. Jusqu'à aujourd'hui, il existe des échanges réguliers au niveau social, politique et culturel.

Le 18 octobre 1973, le conseil municipal de la ville jumelle autrichienne a rendu visite à la capitale du Land de Hesse. Après un bref discours de bienvenue, les membres de la délégation ont signé le Livre d'or de la ville.