Los primeros hallazgos de asentamientos en la zona de la actual capital de la provincia austriaca de Carintia, Klagenfurt am Wörthersee, se remontan a la Edad de Bronce. Las excavaciones de algunas villas y tumbas romanas demuestran que sólo hubo asentamientos aislados durante la ocupación romana hasta el siglo VI.

En 1142, el conde Bernhard fundó el monasterio cisterciense de Viktring, iniciando así la primera colonización extensiva de la región. El nombre de Klagenfurt aparece documentado por primera vez en documentos monásticos de la década de 1190. En 1252 se concedió a Klagenfurt la carta puebla y a partir de mediados de la década de 1250 se construyó un castillo para proteger a sus habitantes. La primera iglesia se construyó en el siglo XIV y se menciona por primera vez en un documento de 1347.

Durante la Reforma, toda la ciudad se unió al movimiento protestante. La industrialización comenzó en Klagenfurt con la conexión a la red ferroviaria en 1863 y alcanzó su apogeo con la electrificación completa en 1896.

Tras la Primera Guerra Mundial, los habitantes decidieron en referéndum con una clara mayoría a favor de que Klagenfurt siguiera formando parte de Austria.

En 1930 se estableció el primer hermanamiento de ciudades del mundo entre Klagenfurt y Wiesbaden. Hasta la fecha, existen intercambios regulares a nivel social, político y cultural.

El 18 de octubre de 1973, el Senado de la ciudad hermanada austriaca visitó la capital del estado de Hesse. Tras una breve bienvenida, los miembros de la delegación firmaron el Libro de Oro de la ciudad.