Pierwsze znaleziska osadnicze na terenie dzisiejszej stolicy austriackiej prowincji Karyntia, Klagenfurt am Wörthersee, pochodzą z epoki brązu. Wykopaliska kilku rzymskich willi i grobów dowodzą, że podczas okupacji rzymskiej do VI wieku istniały tylko pojedyncze osady.

W 1142 roku hrabia Bernhard założył klasztor cystersów Viktring, inicjując tym samym pierwszą rozległą kolonizację regionu. Nazwa Klagenfurt została po raz pierwszy udokumentowana w dokumentach klasztornych z lat dziewięćdziesiątych XI wieku. W 1252 r. Klagenfurt otrzymał prawa miejskie, a od połowy lat 50-tych zbudowano zamek w celu ochrony mieszkańców. Pierwszy kościół został zbudowany w XIV wieku i po raz pierwszy wspomniany w dokumencie z 1347 roku.

W trakcie reformacji całe miasto przyłączyło się do ruchu protestanckiego. Industrializacja rozpoczęła się w Klagenfurcie wraz z podłączeniem do sieci kolejowej w 1863 roku i osiągnęła swój szczyt wraz z całkowitą elektryfikacją w 1896 roku.

Po I wojnie światowej mieszkańcy zdecydowaną większością głosów opowiedzieli się w referendum za pozostaniem Klagenfurtu w granicach Austrii.

W 1930 r. ustanowiono pierwsze na świecie partnerstwo miast Klagenfurt i Wiesbaden. Do dziś trwa regularna wymiana na poziomie społecznym, politycznym i kulturalnym.

18 października 1973 r. senat austriackiego miasta partnerskiego odwiedził stolicę Hesji. Po krótkim powitaniu członkowie delegacji podpisali Złotą Księgę miasta.