Първите селищни находки в района на днешната столица на австрийската провинция Каринтия, Клагенфурт на Вьортерзее, датират от бронзовата епоха. Разкопките на няколко римски вили и гробове доказват, че по време на римската окупация до VI в. е имало само изолирани селища.

През 1142 г. граф Бернхард основава цистерцианския манастир Виктринг, с което поставя началото на първата мащабна колонизация на региона. Името Клагенфурт е засвидетелствано за пръв път в манастирски документи от 90-те години на XI век. През 1252 г. Клагенфурт получава статут на град, а от средата на 50-те години на ХІХ в. е построен замък за защита на жителите. Първата църква е построена през XIV в. и е спомената за първи път в документ през 1347 г.

По време на Реформацията целият град се присъединява към протестантското движение. Индустриализацията в Клагенфурт започва с присъединяването към железопътната мрежа през 1863 г. и достига своя връх с пълното електрифициране през 1896 г.

След Първата световна война жителите решават на референдум с категорично мнозинство Клагенфурт да остане част от Австрия.

През 1930 г. е създадено първото в света побратимяване на градове между Клагенфурт и Висбаден. И до днес се осъществява редовен обмен на социално, политическо и културно равнище.

На 18 октомври 1973 г. градският сенат на австрийския град-побратим посещава столицата на провинция Хесен. След кратко посрещане членовете на делегацията се подписват в Златната книга на града.